为了缓和封建统治阶级和广大人民的矛盾，巩固统治基础。朱元璋对地方官贪污害民的，用极严厉的手段惩处，进行了长期的残酷的斗争。
对朝廷和地方的官僚奸贪舞弊，严重地损害了皇朝的利益的，朱元璋集中力量，全面地大规模地加以无情的打击，洪武十五年(1382)的空印案，洪武十八年(1385)的敦桓案，两案连坐被杀的达七八万人，其中主要是各级官员，追赃牵连到各地许多大地主，都弄得破家荡产，旧地主阶级的力量更进一步地被削弱了。
按照规定，每年各布政使司和府、州、县都得派计吏到户部，报告地方财政收支账目，为了核算钱粮、军需等款项，必须府报布政司，布政司报部，一层层上报，一直到户部审核数目完全符合，准许报销，才算手续完备结了案。钱谷数字如有分、毫、升、合对不拢，整个报销册便被驳回，重新填造。布政使司离京师远的有六七千里，近的也是千里上下，重造册子还不要紧，问题是重造的册子必须盖上原衙门的印信才算合法。因为要盖这颗印，来回的时时就得用上个把月以至好几个月。为了避免户部挑剔，减省来回奔走的麻烦，上计吏照习惯都带有事先预备好的盖过官印的空白文册，遇有部驳，随时填用。这种方法本来是公开的秘密，谁都认为是合情合理，方便省事的。不料到了洪武十五年(1382)朱元璋忽然发觉这秘密，大发雷霆，以为一定有严重弊病，非严办不可，就下令各地方衙门长官主印的一律处死，佐贰官杖一百充军边地。其实上计吏所带的空印文册盖的是骑缝印，不能做别的用途，预备了也不一定用得着。全国各地方衙门的人都明白这道理，连户部官员也是照例默认的，成为上下一致同意的通行办法。但是案发后，正当胡惟庸党案闹得很紧张，朝廷上谁也不敢分辨，把地方上的长吏一杀而空。当时最有名的好官方克勤(建文朝大臣方孝孺的父亲)也死在这案内，上书人也被罚作苦工。