元符三年(1100年)正月初八，赵煦驾崩于福宁殿，终年25岁。赵煦的弟弟赵佶继位，是为宋徽宗。随后，旧党在向太后的支持下重新抬头，就连迁居在瑶华宫的孟皇后也时来运转，遂被复位。因其封后于元祐年间，所以孟皇后又被人们称为“元祐皇后”。
可是好景总是不长，元符四年(1101年)，向太后病逝，其后于崇宁元年(1102年)又发生元祐党人事件，徽宗赵佶重新任用新党蔡京等奸臣，贬摘旧党(元祐党人)，孟皇后再一次受到牵连，二度被废，再一次回到瑶华宫，加赐“希微元通知和妙静仙师”之号。这一次，孟皇后在瑶华宫一呆又是二十多年。
靖康初年，徽宗赵佶与近臣商议，决定恢复孟皇后之位，并尊其为“元祐太后”。但是诏书刚刚写好，还未来得及下发，金人便攻陷了皇宫，赵佶在慌忙之中禅位于皇太子赵桓，是为宋钦宗。后来，徽宗、钦宗二帝被掳，史称“靖康之祸”。当时，六宫有位号者都随徽宗、钦宗二帝北迁。就在此时，住在瑶华宫的孟皇后原先生活还算安逸，突然间瑶华宫起火，孟皇后只好搬到延宁宫居住。不料，靖康二年(1127年)二月，延宁宫又发生了大火，也不能居住了，孟皇后只得自己步行来到相国寺的前面，到她的侄子通直郎、军器监孟忠厚家中居住。